Vedenerottimen tyhjennystoiminnossa, olipa se sitten tavanomaisessa käytössä tai puoliperävaunukäytössä, perusvaiheet ovat samanlaiset. Etsi ensin ajoneuvon vedenerotin, joka sijaitsee yleensä lähellä polttoainesäiliötä ja on sylinterimäinen. Vedenerottimen pohjassa olevan karkean suodattimen alta löytyy nuppi tai ruuvi. Ruuvaa tätä nuppia tai ruuvia varovasti vastapäivään, niin vesi valuu ulos luonnollisesti. Kun vesi on valunut puhtaaksi, kiristä nuppia tai ruuvia myötäpäivään, niin ajoneuvo voi jatkaa normaalia käyttöä.
Jos ulosvirtaava vesi havaitaan likaiseksi, voit ruiskuttaa puhdasta vettä vedenerottimeen huuhtelua varten, jotta lika ei hapettaisi sisäseinää. Lisäksi vedenerottimen säännöllinen tyhjennys ja vaihto on tärkeä toimenpide sen pitämiseksi hyvässä toimintakunnossa. Yleensä on suositeltavaa säätää vaihtoaika todellisen käytön ja polttoaineen laadun mukaan, yleensä tietyn kilometrimäärän jälkeen.